En este post del blog oficial de Gmail se explica con mucha claridad las diferencias entre POP e IMAP, llegando a la conclusión que IMAP ofrece muchas más ventajas que POP.

Traduzco los 2 puntos claves:

1. POP: Comunicación en 1 sentido. Se establece comunicación con los servidores de Google y se descargan los datos; pero eso es todo. Las cosas que hagas en tu dispositivo no quedaran reflejadas en el servidor. Es decir, si lees un mensaje en tu móvil y luego accedes a tu cuenta Gmail, verás el mismo mensaje marcado como no leído.
2. IMAP: Comunicación en ambos sentidos. A diferencia de POP, se establece comunicación con el servidor y se sincronizan los cambios automáticamente. Cuando accedes a Gmail desde un navegador web, las acciones que has llevado a cabo anteriormente desde un móvil o navegador web, aparecerán en Gmail automáticamente. De esta manera no tendrás que releer o reorganizar los mensajes 2 veces. Por tanto, es realmente útil cuando accedes a Gmail desde múltiples dispositivos.

Son evidentes, pues, las ventajas que ofrece IMAP frente a POP.